La vallée de Munster se fractionne en deux branches au niveau de Munster. La ville est située au confluent de la grande et de la petite Fecht, cours d’eau non navigable. Elle débouche sur la plaine d’Alsace au niveau de Colmar distante de 20 Km.
Munster est à un peu plus d’une heure de route de Strasbourg, de Bâle en Suisse et de Freiburg en Allemagne.