Intérieur d'une marcairie, 1930 (dessin : Hans Matter)

C'est au cours du XVI^ème siècle qu'il acquiert ses lettres de noblesse. En 1532, Martin Bucer, réformateur de Stras­bourg, envoie des fromages au prédicateur Sohm à Ulm. La dénomination de fromage de Munster, « Münsterkase », apparaît entre 1573 et 1577 dans les missives du secré­taire de la ville de Munster, Jérémias Schütz. D'après ces documents, ces fromages étaient « feist und blau », « gras et bleus », sans que nous sachions exactement ce que cela signifie. Ils pouvaient atteindre jusqu'à 30 cm de haut, et avaient un diamètre de 10 à 11 cm.

Le marcaire lui-même mangeait rarement du Munster, le réservant à la vente, mais plutôt un autre fromage, fabriqué à partir du petit-lait et nommé « brocotte » dans les Vosges, « sérac » dans les Alpes et Zeger ou Zigermilch en alsa­cien. La description de sa fabrication se trouve, tout comme celle du gruyère et du « fromage de Gérardmer », dans « l'Encyclopédie » rédigée sous la direction de Diderot et d'Alembert de 1751 à 1772.

Le munster était-il pour autant considéré, sous l'Ancien régime comme un objet de luxe, comme le dit ce stupéfiant arrêté pris en 1794 par le Directoire du district de Colmar : « Le beure qui autrefois abondoit dans les marchés publics y manque absolument dans ce moment, par la raison que les métayers préfèrent de (sic) convertir le lait en fromage gras... Le Directoire, considérant que les fromages gras sont un objet de consommation de pur luxe, qui doit être proscrit dans la République... arrête que... il sera défendu à tous métayers et autres fabricants de fromages, d'en faire de ceux connus sous la dénomination des fromages gras, sous peine d'être dénoncés comme mauvais citoyens et suspects de favoriser les contrerévolutionnaires, et d'être traduits au tribunal révolutionnaire pour y être punis... ».

Le lait du soir est refroidi à 12°C et réchauffé le matin à 32°C. La traite du matin, partiellement écrémée, y est rajoutée, égalisée à 32°C puis emprésurée.
Le coupage se fait une heure après. On retire le petit lait et qund le caillé est de bonne consistance, on le met en moule pour obtenir son égouttage. Le premier jour, il est retourné quatre fois au courant de la journée, le deuxième jour il est salé, puis à nouveau essuyé pendant deux à trois jours. Ensuite il est descendu en cave où il est lacé tous les deux jours pendant trois semaines.
Le Munster est généralement consommé lorsqu’il a atteint un certain degré d’affinage. Toutefois, selon les goûts, il sera servi affiné « à cœur » ou bien partiellement.

La façon la plus habituelle est de manger le Munster avec une tranche de pain. Certains aiment l'accompagner de carvi (épice semblable au cumin). On peut également en faire un repas complet en le dégustant accompagné de pommes de terre sautées ou de pommes de terre en robe des champs et de salade verte.
Le bibalakas(ou bibalaskas) s'obtient en écrasant le fromage blanc (du jour ou de la veille, non affiné) assaisonné de crème fraiche, d'oignons émincés, de sel et de poivre. Il est accompagné de pommes de terre en robe des champs et forme un dîner traditionnel.
En dessert, de nombreuses fermes auberges proposent le siaskas, fromage blanc du jour accompagné de crême fraiche, de sucre et de kirsch.
La meilleure période pour la consommation du Munster va de mai à octobre.
Il est idéalement accompagné d'un vin alsacien de type Tokay pinot-gris ou Gewurztraminer. A défaut, il se marie également bien avec un Morgon.